自然科学類型では、数学と理科の授業時間を多く設定しています。将来、国公立大学理系学部進学を目標に学習に取り組んでいます。

　1年生の夏休みを利用して、1泊2日で校外研修に行きます。例年、SPring-8、兵庫県立大学理学部と岡山県の牛窓研修センターに行きます。最先端の研究施設を見学した後に、海洋生物を調べたり、天体観測をしたりと、とても充実した2日間を過ごすことができます。また、1年時に岡山大学工学部の研究室を訪問します。2年時には岡山大学の教授を招いて課題発見やその研究の取り組み方などの特別講義があります。また、大学や博物館を訪問する機会もあります。さらに、夏休みには「おもしろ科学教室」を開催し、地元の小学生に実験教室を行います。

1年生から、「理数探究基礎」という科目を採用し、科学探究の基本や、データの処理を学びます。この学習内容を生かし、２年、３年で「AIOI探究」として、グループに分かれて課題を設定し、探究していきます。３年では、プレゼンテーションを行い論文の作成に取り組みます。【物理的刺激に対するミドリムシの応答の基礎的探究】【人間乱数】【体育館脱出計画－シミュレーションによる効率の良い避難計画－】【GIS（Geographic Information System）で知る日本】【暗記にいい色は何色】【魔法陣】に分かれて研究しました。

少人数授業を実施し、得意な分野をさらに伸ばし、苦手な科目については丁寧な指導を心掛けています。本年度、自然科学コースで実施している少人数授業は次の通りです。

　1年：英語、古典

　2年：英語、古典、物理、数学

　3年：英語、数学、古典、現代文、物理

放課後に、英語、数学、理科、国語などの補習を行っています。授業の内容をより深めるために、演習などを通して、学力向上を目指しています。

入学した当初から、仲間づくりに重点を置いています。宿泊を伴う行事などを通して、お互いに助け合う雰囲気が自然と出来上がります。学校行事においても、普通クラス以上の絆の強さで団結力の良さは目を見張るものがあります。３年間を通して、一生つき合っていける、かけがえのない友ができるのも自然科学コースの魅力です。

お互いに気心の知れた仲なので、伝統的にクラスの雰囲気は活気に満ちあふれています。授業の開始時と終了時のあいさつの声も大きく、生活全般においてメリハリができています。

国公立大学との連携に力を入れています。特に岡山大学との連携においては1年時に研究室を訪問し、大学生活や研究のことなど素朴な疑問を解決でき、大学進学に向けての動機付けができます（日程は年によって変更することがあります）。また、本校において岡山大学の先生の特別講義を受講できます。